Algemeen wordt aangenomen dat de vrijmetselarij haar wortels heeft in de Engelse en Schotse bouwcorporaties van de late middeleeuwen. De huidige organisatorische vorm ontstond omstreeks 1715 in Engeland. Vanaf die tijd is er meer aan verslaglegging gedaan en is de historische ontwikkeling beter bekend.
Ontstaan en ontwikkeling
De term ‘vrijmetselaar' is een vertaling van het Engelse 'freemason'; die verwijst overigens naar de steenhouwer. De herkomst van ‘freemason' staat niet vast. Het woord zou afkomstig kunnen zijn van 'freestone', een hoogwaardige kalksteen die vooral voor het fijne beeldhouwwerk werd gebruikt. Uit de term 'freestone mason' zou dan de naam 'freemason' zijn ontstaan. Het element ‘free’ in de naam zou ook betrekking kunnen hebben op de ambachtsman die zijn contractuele tijd als leerling had voltooid en daarna 'vrij' was om als gezel bij een andere meester te gaan werken; hij was dan 'free mason', vrije steenhouwer. Op die verklaring is de oude Nederlandse benaming ‘vrije metselaar’ gebaseerd.
Operatief en speculatief
In oude Engelse en Schotse handschriften, onder andere het Regius en het Cooke Manuscript uit de veertiende eeuw, wordt melding gemaakt van gebruiken en regels voor bouwlieden. In de bouwloodsen – lodges, loges - bij grote bouwwerken, vaak kathedralen, werden onder toezicht van de 'Master Mason' de leerlingen door de gezellen opgeleid. Ze woonden en werkten er soms jarenlang samen. 
Er werd niet alleen in technische zin over het ambacht gesproken, maar ook over de geestelijke achtergrond. De loge was niet alleen een praktische leerschool, maar ook een leefgemeenschap met een sterk ontwikkeld stelsel van normen en waarden. Waar men van de ene bouwplaats naar de andere trok, waren tekens, handgrepen en paswoorden onmisbaar voor herkenning en erkenning. De beslotenheid van de bouwcorporaties blijkt uit gedragsregels die dienden om het ambacht tegen beunhazerij te beschermen.
Tegen 1450 liep de periode van de gotiek met haar indrukwekkende bouwwerken ten einde. De Renaissance bracht een klasse voort van erudiete architecten; ze waren niet alleen bouwkundigen, maar hadden ook wetenschappelijke, filosofische en spirituele kwaliteiten.
Door (burger)oorlogen en de Reformatie stopten de spiritueel geïnspireerde bouwactiviteiten, maar de loges bleven bestaan, zij het in een zich wijzigende vorm. De zuiver operatieve – ambachtelijke - vrijmetselarij veranderde in speculatieve - bespiegelende - vrijmetselarij. Het aantal operatieve ‘freemasons’ per loge nam af ten gunste van het aantal speculatieve leden, vaak wetenschappers. Zij traden in toenemende mate toe tot de loges omdat die in woelige tijden vrijplaatsen waren voor hen die zich wilden ontworstelen aan politieke en religieuze dwang.
Oude Plichten
Het jaar 1717 wordt beschouwd als het startpunt van de georganiseerde moderne vrijmetselarij. In dat jaar werd op 24 juni – Sint-Jansdag; Sint Jan was de schutspatroon van de bouwlieden - in Londen door vier loges een grootloge opgericht.
De nieuwe vrijmetselaarsgeest kreeg uitdrukking in het ‘Constitutieboek’ dat de Schotse predikant James Anderson in 1723 opstelde en waarin een bewerking was opgenomen van de ‘Old Charges’ - Oude Plichten -, zoals deze eertijds onder de leden van de bouwcorporaties golden.Zij vormden - en vormen nog steeds - het belangrijkste deel van het oudste maçonnieke wetboek, waarin de zedelijke plichten van vrijmetselaren tegenover elkaar en de regeling van de werkzaamheden zijn vastgelegd.
Vervolging en groei
In de loop van de achttiende eeuw heeft de vrijmetselarij zich vanuit Groot-Brittannië over grote delen van Europa, Amerika en de rest van de wereld verspreid. Buiten Groot-Brittannië vormden zich eerst loges, die zich later verenigden in orden. In de meeste landen kreeg de vrijmetselarij een eigen karakter. Terwijl bijvoorbeeld de Angelsaksische loges meestal breed maatschappelijk zijn samengesteld, was op het continent de invloed van de elite duidelijk merkbaar. Er deden zich ook randverschijnselen, uitwassen en scheuringen voor. De verlichtingsdenkbeelden van de vrijmetselarij hadden in de achttiende eeuw pauselijke veroordelingen en verbodsbepalingen tot gevolg, waarop in sommige landen - vooral de Latijnse - antiklerikaal, later antigodsdienstig werd gereageerd.
Overigens heeft de verhouding tussen de Rooms-katholieke kerk en de vrijmetselarij zich in de laatste jaren van de twintigste eeuw in een aantal landen in gunstige zin gewijzigd. Voor de hand ligt dat totalitaire systemen van zowel links als rechts de vrijmetselarij vanwege haar beginselen steeds als een bedreiging zien. Daarom was de vrijmetselarij in nazi-Duitsland en het fascistische Italië en Spanje verboden en werden vrijmetselaren vervolgd.
Na de Tweede Wereldoorlog werden in landen als Polen, Hongarije, Joegoslavië, Bulgarije, Roemenië, Tsjecho-Slowakije en Oost-Duitsland de verbodsbepalingen door de communisten overgenomen.
Daartegenover stond een sterke toename van het aantal vrijmetselaren in de vrije wereld, tot ongeveer zes miljoen aan het begin van de jaren zeventig. De Verenigde Staten stonden toen met ruim vier miljoen vrijmetselaren bovenaan, gevolgd door Groot-Brittannië met ruim één miljoen en Canada met ruim een kwart miljoen. Vermeldenswaard is dat in Spanje de vrijmetselarij, onder het Franco-bewind ten strengste verboden, thans weer is toegestaan. Enkele tientallen loges zijn daar nu weer actief, evenals in Portugal na het eind van het Salazar-bewind. Ook in Midden- en Oost-Europa zijn na tientallen jaren van onderdrukking in de meeste landen de maçonnieke activiteiten weer hervat.